Medzi základné požiadavky na výkon kontrolnej činnosti patria odbornosť a legalita (zákonnosť). V činnosti každého kontrolného orgánu je však prítomné tzv. riziko kontroly, t.j., keď kontrolný orgán nezistí všetky relevantné nedostatky alebo keď jeho kontrolné zistenia budú nesprávne. V praxi obcí nastávajú situácie, keď postup hlavného kontrolóra pri výkone kontroly nebol vykonaný podľa ustanovení príslušných právnych predpisov. Zároveň výsledky kontrol hlavných kontrolórov vo viacerých prípadoch nemajú oporu v zákone. Opodstatnenou je preto otázka, či správa hlavného kontrolóra je preskúmateľná alebo nepreskúmateľná iným orgánom. Alebo naopak, či existuje zákonom stanovená možnosť, ako zabezpečiť nezávislý objektívny prieskum kontrolných zistení hlavného kontrolóra. Na takomto prieskume majú záujem najmä kontrolované subjekty, ktoré sa so závermi kontroly hlavného kontrolóra vôbec nemusia stotožňovať.
Hlavný kontrolór a správne konanie
Hlavný kontrolór nie je orgánom obce, ale je obligatórnym zamestnancom obce. V rámci vnútorného kontrolného systému obce má hlavný kontrolór kľúčové postavenie, okrem neho však vykonávajú kontrolnú činnosť v obci aj iné subjekty. Hlavný kontrolór je v rovine pracovnoprávnych vzťahov podriadený starostovi obce, napr. pokiaľ ide o otázky dodržiavania pracovnej disciplíny a pod.
V rovine kontrolnej činnosti a zodpovednosti za ňu
(napr. kvalita výkonu kontrolnej činnosti, dodržiavanie povinností hlavného kontrolóra pri výkone kontroly a pod.)
je zodpovednosť hlavného kontrolóra daná výlučne vo vzťahu k obecnému zastupiteľstvu.
Podľa § 11 ods. 4 písm. j) zákona č. 369/1990 Zb. o obecnom zriadení v z. n. p. (ďalej len "zákon o obecnom zriadení") rozsah činnosti hlavného kontrolóra určuje obecné zastupiteľstvo, ktorému sa za výkon činností aj zodpovedá.
----------------------------------------------------------------------------------------------------
Výstupy kontrolných činností hlavného kontrolóra predstavujú podklad na ďalšie konanie a rozhodovanie starostu obce, prípadne obecného zastupiteľstva.
----------------------------------------------------------------------------------------------------
Hlavný kontrolór môže vykonať finančnú kontrolu poskytnutej dotácie na základe oprávnenia udeleného obecným zastupiteľstvom podľa § 18d a nasl. zákona o obecnom zriadení. Ak na základe výsledku finančnej kontroly bude preukázané, že dotácia bola použitá v rozpore s účelom zmluvy o poskytnutí dotácie, obec je oprávnená rozhodovať o povinnosti vrátiť tieto finančné prostriedky v správnom konaní podľa § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z.z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v z. n. p. (ďalej len zákon č. 523/2004 Z.z.") s následným vymáhaním podľa § 71 ods. 1 zákona č. 71/1967 Zb. o správnom konaní (správny poriadok) v z. n. p. (ďalej len "správny poriadok"):
"Ak účastník konania nesplní v určenej lehote dobrovoľne povinnosť uloženú mu rozhodnutím, ktoré je vykonateľné, alebo zmierom schváleným správnym orgánom alebo ním zostaveným výkazom nedoplatkov (ďalej len "rozhodnutie"), ich výkon sa uskutoční. Ak v rozhodnutí nebola určená lehota na plnenie, určí ju orgán, ktorý uskutočňuje výkon rozhodnutia; lehota nesmie byť kratšia, než ustanovuje osobitný zákon."
Keďže hlavný kontrolór vykonáva svoju funkciu na základe voľby obecným zastupiteľstvom a plní základné povinnosti vyplývajúce z jeho funkcie najmä voči obecnému zastupiteľstvu, tak
obecné zastupiteľstvo kontroluje i plnenie povinností hlavného kontrolóra pri výkone kontrolnej činnosti
. V kompetencii obecného zastupiteľstva je preto podľa § 18a ods. 9 písm. b) zákona o obecnom zriadení i odvolanie hlavného kontrolóra z funkcie v prípade, keď zanedbáva povinnosti vyplývajúce z jeho funkcie a bol na to aspoň raz písomne upozornený obecným zastupiteľstvom.
V prípade zanedbávania povinností zo strany hlavného kontrolóra obce je na jeho odvolanie potrebné minimálne predchádzajúce písomné upozornenie formou uznesenia obecného zastupiteľstva na vyčítané nedostatky adresované hlavnému kontrolórovi a opakovaný výskyt nedostatkov pri výkone jeho kontrolnej činnosti.
Hlavný kontrolór vykonáva svoju činnosť nezávisle a nestranne v súlade s pravidlami kontrolnej činnosti ustanovenými v zákone č. 357/2015 Z.z. o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v z. n. p. (ďalej len "zákon o finančnej kontrole a audite").
Ak hlavný kontrolór zistí pri výkone finančnej kontroly nedostatky, je povinný v intenciách § 22 zákona o finančnej kontrole a audit